По выражению Фомы Аквинского, одним из основных вопросов богословия и христианской философии является вопрос о бытии. В христианстве, по мнению неотомистов, существует двойная онтология. С одной стороны, есть бытие Бога, с другой — сотворенное бытие.
Бытие Бога есть бытие само по себе, и обозначается оно термином esse, а сотворенное бытие, наш мир, сущее обозначается словом ens. Бытие Бога непостижимо, оно отличается от мира, и непостижимо именно потому, что Творец отличается от твари, и, мы, являясь сотворенными, не можем постигнуть бытие Бога. Только в Боге сущность совпадает с существованием, в мире же существование и сущность разделены. Мир существует потому, что Бог дает этому миру сущность. Существование возможно лишь постольку, поскольку оно причастно бытию Бога. Мир, естественно, сотворен из ничего (в том числе и материальный мир). Материалисты, утверждающие вечность материи, были отлучены от Церкви еще I Ватиканским собором. Поэтому вопрос о бытии, который для Жильсона является главным вопросом философии, это вопрос о бытии Бога и о сотворенности мира, вопрос о соотнесенности мира и Бога — т. е. те главные вопросы, которые определяют сущность христианской догматики. Именно поэтому Э. Жильсон пишет: «Если две философские доктрины по-разному понимают бытие, то это означает, что между ними нет ничего общего» (1, с. 96). Поскольку бытие Бога духовно (Бог есть Дух), то и единство мира состоит в его духовности, а не в материальности. Но христианская философия — это не идеализм, не платонизм. Христианская философия — это реализм, объединяющий в себе и материальное, и идеальное начало. Христианство признает существование материи, но так как единство мира состоит в его духовности, то духовное возвышается над материальным. Таким образом, идеализм имеет больше общего с католической философией, чем материализм, но чистый идеализм, т.е. спиритуализм, не имеет ничего общего с истинным христианством. Разум, сам будучи духовным, познавая мир, должен познавать нечто духовное. Поэтому в мире существует духовное начало. Но разум не может познать бытие Бога, и здесь Жильсон во многом повторяет аргументы своего великого предшественника. Разум человеческий есть разум сотворенный и познает также сотворенный порядок вещей. Бог же возвышается над тварным миром как Творец этого мира, поэтому наш разум, имеющий дело лишь с тварным бытием, не может познать превосходящего его Источника, не может познать Бога в Его сущности. Поэтому онтологическое доказательство бытия Бога, как оно выдвинуто Ансельмом Кентерберийским, не может быть истинным, так как оно основывается на знании сущности Бога. По мнению неотомистов, человек может знать о Боге только по аналогии; познавая лишь материальный мир, человек способен судить о Боге на основании того, что он приписывает Ему некоторые характеристики в высшей степени, или же, наоборот, лишает Бога тех негативных характеристик, которые также принадлежат негативному миру, подобно тому, как рассказано об этом в «Мистическом богословии» Псевдо-Дионисия Ареопагита. К такому же пути положительного и отрицательного богословия, к пути определения по аналогии, прибегает и современная неотомистская философия, указывая, что все, что мы можем знать о Боге, основано на нашем знании о мире.
Итак, прямое знание о Боге невозможно. Тем более важным признается откровение, когда Бог Сам открывает Себя людям. Именно поэтому необходима вера, вера в существование сверхъестественного, в существование Бога, Его бытия. И здесь неотомизм вновь повторяет необходимость доказательств бытия Бога Фомы Аквинского, доказательств, основанных на бытии нашего мира, на том, что в мире существуют причинно-следственные связи, существует движение, что в мире есть необходимость и случайность, что мир движим целями, и т. д. Эти доказательства не принуждают нас к бытию Бога, но показывают, что Бог существуют. Из них мы узнаем, что Бог есть, но что Он есть, мы узнать не сможем. Согласно католической философии, единство мира состоит в его духовности. Духовность исходит из Бога, поэтому субстанция мира одна — Божественная, имеющая две разновидности: материю и дух. В сотворенных вещах соединяются материя и форма. Материя есть чистая возможность, а форма есть чистая действительность (в данном случае Жильсон и неотомисты повторяют аристотелевскую терминологию, которую приводит Фома Аквинский). Но материя и форма порознь не существуют. Только вместе, в телах они представляют собой некоторую субсистенцию. В Боге субстанция и субсистенция, с одной стороны, различны, а с другой — совпадают: Бог Един, и Бог есть Троица. В вещах не так. Вещь не является субстанцией, а является определенной, отдельной вещью, и суб- систенция ее дается в единстве материи и формы. Сущность материи состоит в чистой ее отрицательности. Материя придает вещам индивидуальность, а форма дает им особенное, родовое начало, то, которое мы можем познавать. В мире посредством форм действуют некоторые естественные закономерности. Эти естественные закономерности, получившие название законов мира, находятся в Божественном разуме, но реализуются так, как будто они существует непосредственно в настоящем мире. Человек введен в заблуждение, считая, что мир движется сам по себе, имея в самом себе эти закономерности. Итак, основное положение томизма — единство мира в его духовности, а духовность имеет источником Бога, поэтому законы мира происходят из Божественного разума. Естественная закономерность в чистом виде отрицается, поэтому закономерность существует в Боге. Мир существует во времени, а Бог существует над временем, поэтому в Боге естественная закономерность совпадает с целями. Для Бога что прошлое, что будущее — одинаково, поэтому и возможно соединение телеологии, т. е. целеполагания в нашем мире, с причинно-следственными связями. Скажем, когда на вопрос: почему у рыбы жабры? — дается ответ: для того, чтобы ей дышать в воде, то происходит подмена причины следствием. Так вот, оказывается, что этот ответ далеко не так наивен, ибо для Бога цель и причина совпадают. В познании животного мира часто подменяют причинное целевым и тем самым не ошибаются.