Войдя в состав Румелийского эйялета, страна была разделена на шесть санджаков: Шкодра, Дукагини, Эль- басан, Охрид, Влёра, Дельвина. На равнинах, в более доступных местах стала действовать обычная у османов во- енно-ленная система, однако в горных районах продолжали существовать остатки родоплеменного строя.
Несколько десятков горских семей объединялись в фис (род), собственностью которого являлась вся пахотная земля и пастбища. Управлялся фис кувендом — советом глав всех семей данного фиса. Кроме того, имелся глава фиса, должность которого передавалась по наследству, и военный предводитель фиса, командовавший всеми мужчинами, способными носить оружие. Фис гарантировал охрану жизни и прав каждого из его членов, причем закон кровной мести становился обязательным к исполнению для всех членов фиса. Наибольшей автономией во внутренней жизни и независимостью в XVI в. пользовалось население горного приморского юга Албании — Химары. Химариоты поголовно ходили вооруженными и то и дело забывали платить дань турецкому султану. Чтобы не оставлять в тылу неспокойную область накануне войны против Италии, в 1537 г. султан Сулейман I с сильным войском прибыл в Южную Албанию. Целью экспедиции было ликвидировать очаги возможных мятежей, разоружить население и принудить его к регулярной уплате налогов. Все лето в горах шли бои, причем химариоты довольно успешно атаковали турецкий контингент. Действиями турецкой армии руководил великий визирь Аяз-паша, сам химариот по происхождению. Так и не добившись решительной победы (несмотря на захват опорных пунктов горцев), султан отказался от итальянского похода и вывел армию из Албании. На рубеже XVI и XVII вв. увеличивается число контактов между отдельными фисами. Соседствующие фи- сы стали проводить общие кувенды для своих руководителей, которые со временем переросли в общеалбанские кувенды (съезды), на которых присутствовали вожди и военные руководители фисов, а также (в качестве агентов европейских держав, заинтересованных в ослаблении Османской империи) католические епископы. В частности, в 1601 г. в деревне Дукашни на большом общеалбанском кувенде присутствовало 2656 человек.
Кувенд принял решение начать войну против турок и обратился с просьбой о помощи к Венецианской республике. В качестве платы за оружие и деньги, полученные от венецианцев, албанцы обещали принять вене цианское подданство. Однако момент был выбран неудачно, и Венецианская республика ни деньгами, ни оружием албанцев не поддержала. Выступления горцев только спровоцировали ответные действия султанских войск. Так, в 1610 г. турецкие войска приступили к вытеснению албанских повстанцев из районов, прилегающих Битва валахов с турками у Тырговипгге 16 октября 1595 г. Гравюра конца XVI в. к дороге Шкодра — Призрен. Захватив контроль над дорогой, турки восстановили движение между Шкодрой и Стамбулом, расположили вдоль пути посты и гарнизоны и добились здесь относительного затишья. В начале XVII в. в горах Великой Мальсии была создана лига, в которой против турок объединились албанцы и черногорцы. Лига располагала силами в 54,6 тыс. вооруженных воинов и осуществляла набеги на турецкие гарнизоны в Косове, в Македонии и в Болгарии. В1612 г., окончив бои в Дукашни, турецкая армия (25. тыс. человек) выступила против сил лиги в Великой Мальсии. Османские силы отступила, столкнувшись с трудностями войны в горах. В 1614 г. во время съезда в Кучи (Черногория), куда собрались представители находившихся под властью Османской империи балканских стран, был выдвинут план- большого общебалканского восстания. Имелся и сильный европейский союзник — французский герцог Карл Неверский (по материнской линии потомок Палеологов), который готовил против турок крупную морскую экспе дицию, имея целью возрождение под своей короной Византийской империи. План этот не удался: накануне отплытия эскадра герцога сгорела. В 1621 г. кардинал Гоцадино получил от албанского священника и писателя Пьетера Буди записку, в которой говорилось, что 30 тыс. албанцев готовы с оружием поддержать войска любой христианской державы, как только они высадятся в Албании, однако высадки этой в тот период так и не последовало.