В католическом мире в XIII в. происходят достаточно серьезные события, которые привели к значительным изменениям и в богословии, и в философии. Это связано в том числе с тем влиянием, которое оказали идеи арабских мыслителей, прежде всего Аверроэса.
Кроме того, в XIII в. на территории Южной Франции и в Испании возникают различные еретические движения — катаров, альбигойцев. Для борьбы с этими ересями организуются монашеские ордена. Орудием борьбы с ересью альбигойцев стал орден доминиканцев, основанный Домиником Гусманом (1170—1221). По имени Доминика орден и получил свое название. Главной задачей этого ордена являлась борьба с ересями: сначала с ересью альбигойцев, а затем и с ересями вообще. Под влиянием доминиканцев для борьбы с ересями была организована и папская инквизиция. Доминиканцы иронически называли себя «псами Господними» (игра слов: domini canes — «псы Господни»). Другой монашеский орден, возникший приблизительно в то же время, основывается Франциском Ассизским (1182—1226). Главной задачей орден считал возвращение к идеалам и нормам первоначальной Церкви, в первую очередь отказ от стяжательства. Поэтому францисканский орден назывался нищенствующим орденом, а монахи ордена — нищенствующими монахами. В дальнейшем орден францисканцев, как и орден доминиканцев, был включен в жесткую иерархическую структуру католической Церкви. В самом начале XIII в., в 1200 г., основывается Парижский университет, ставший центром светского и богословского образования в Европе. После создания Парижского университета система образования начинает сильно прогрессировать. Светское образование отделяется от церковного. Во всех университетах существовал факультет искусств (имеется в виду семь свободных искусств — тривиум и квадривиум). Не окончив этот факультет, нельзя было продолжить образование на одном из трех факультетов: медицинском, юридическом и теологическом. Поскольку главной дисциплиной, преподававшейся на факультете искусств, была диалектика (философия и логика), то он часто назывался философским. Теологический факультет Парижского университета был наименее многочисленным и наиболее престижным. Но со временем именно философский факультет привлечет к себе наибольшее внимание. Активизируется и переводческая деятельность. Благодаря тесному соседству с арабским миром появляются переводы трудов Аверроэса, аль-Фараби и Ибн Сины, а также произведения античных философов, которые не были известны в Западной Европе. Переводятся произведения Аристотеля, Платона, Плотина.
Аристотель до этого был известен главным образом как автор логических трактатов. Теперь же появляются переводы «Метафизики», работ по физике и этике. Аристотель становится известным уже в полном объеме, его знают даже больше, чем в арабском мире, т. к. появляется и «Политика», неизвестная арабам. Благодаря распространению работ Аристотеля в Европе создалась очень серьезная ситуация в философии с соответствующими выводами в богословии. Многие годы в различных учебных заведениях студентов учили мыслить по аристотелевским логическим трактатам, не подозревая, что у Аристотеля есть и собственные работы по философии и физике. Наконец они получили возможность ознакомиться с учением о природе того философа, на работах которого учились правильно мыслить! Ведь, как пишет Э. Жильсон, «физика Аристотеля, даже фальсифицированная с помощью неоплатонизма, давала для объяснения природы набор столь гибких и плодотворных понятий и принципов, что отказаться от нее добровольно не был готов никто. Эта физика могла вызывать беспокойство или оказаться трудной для изучения, но она была на самом деле единственной систематической физикой, существовавшей в то время. Впервые — и сразу — люди Средневековья обрели полное объяснение явлений природы. Фундаментальные понятия, лежавшие в основе этого объяснения, они находили в трактатах по астрономии, физике и медицине, распространение которых невозможно было остановить»1. И что же они узнали у Аристотеля? То, что мир вечен, что душа смертна, а бессмертен лишь разум, что Бог не знает ничего о нашем мире и т.п. И поэтому философы — последователи Аристотеля стали полагать, что в религиозном познании разум стоит выше, чем вера, т.е. с помощью своих рациональных доводов начали опровергать доводы католической Церкви, в частности, отвергать индивидуальное бессмертие, сотворение Богом мира из ничего и т.д. Очевидно, что Церковь не могла спокойно терпеть такие нововведения. В 1210 г. Парижский Собор запретил под страхом отлучения от Церкви распространять естественную философию Аристотеля и комментарии к ней. Разрешалось лишь изучать логические трактаты Аристотеля, «Метафизика» (в это время уже переведенная с греческого на латинский), «Физика» и другие физические работы запрещаются. Но тем не менее интерес к Аристотелю не исчезал. Поэтому 23 апреля 1231 г. папа Григорий IX создает комиссию по изучению наследия Аристотеля, которой поставлена задача очистить произведения Аристотеля от ошибочных положений и найти в них истинные.