Не менее натянутыми, хотя более близкими мыслям Канта и особенно Фихте, представляются идеи, высказанные Шеллингом в его системе трансцендентального идеализма — философии второго периода, где он показывает, как из субъекта возникает объект, демонстрируя вторую сторону их тождества.
Для понимания учения Шеллинга здесь важен термин «интеллигенция», обозначающий не то, что мы с вами привыкли вкладывать в это слово, а некоторый носитель интеллекта, субстанцию, которая может мыслить. Интеллигенция есть то, что имеет свойство интеллекта. Понятно, что именно интеллигенция исследуется Шеллингом в трансцендентальной философии. Если философия природы, натурфилософия исходила из того, что для нее аксиомой является существование объективного внешнего мира, то трансцендентальная философия исходит из другой аксиомы, из уверенности в том, что существует лишь субъект, «я». Поэтому основным принципом трансцендентальной философии является принцип скептицизма: «Подобно тому как натурфилософ в своей исключительной направленности на объективное прежде всего стремится устранить всякое вмешательство субъективного в область своего знания, так трансцендентальный философ больше всего опасается какого бы то ни было вмешательства объективного в чисто субъективный принцип знания. Средством такого устранения служит абсолютный скептицизм» (5, т. 1, с. 235). Именно эту линию неосознанно развивали все философы античности, когда проводили сомнение в существовании внешнего мира. Особенно радикально этот поворот был виден у Рене Декарта. Но, как показывает Шеллинг, это лишь одна часть истинной философской системы. Трансцендентальная философия начинает с повального сомнения и в результате этого приходит к убежденности в существовании только субъекта, только мыслящего фихтевского Я, или кантовского трансцендентального разума. Здесь на первых порах Шеллинг рассуждает подобно тому, как рассуждал в свое время Фихте. Если для человека единственной достоверной реальностью является Я, то философ в трансцендентальной философии начинает с положения, что Я полагает Я. Я мыслит и созерцает только себя. Но Я созерцает себя ограниченным и в этом ограничении себя оно понимает, что существует некоторое не-Я.
Если существует не-Я, то, значит, оно воздействует на Я, а поскольку кроме Я ничего не существует, то значит это не-Я есть аффицирование Я самим себя со стороны самого себя. То есть не-Я, объект познания возникает из самого же субъекта, из самого познающего Я. Поэтому Я созерцает себя ощущающим (когда сознает, что существует еще не-Я). Поэтому следующий факт, который наблюдает мыслитель, трансцендентальный философ, это факт уже не созерцания, а ощущения — ощущения объективного мира. То есть возникает представление о внешнем мире. На этом же этапе Шеллинг исследует и второй раздел трансцендентальной философии — практическую философию. Трансцендентальная философия есть философия, состоящая из двух частей: теоретической философии, исследующей познание, и практической философии, исследующей свободную, т.е. нравственную деятельность человека. В субъекте совпадает и познавательная деятельность, и нравственная. Но законы, которые познают ученые, и свобода противоречат друг другу. Это очевидное противоречие свободы и необходимости, поэтому разрешиться оно может в более высокой философии. Эта философия может быть основана на принципах, превосходящих человеческий разум. Таким учением для Шеллинга является принцип предустановленной гармонии. Шеллинг высоко оценивал Лейбница и всю его философию. В преодолении противоречия свободы и необходимости возникает понятие целеполагания — предустановленная гармония существует ради какой-то цели. Целеполагание, о котором Кант говорил в «Критике способности суждения», опять же обнаруживается в субъекте, т.е. философ вновь, как бы уходя от субъекта для разрешения противоречия между необходимостью и свободой, возвращается к субъекту. И вообще Шеллинг указывал, что этот круг в философии не есть порочный круг, а наоборот признак действительной системы философии, ибо истинность системы как раз и состоит в том, что философия в своем последнем пункте возвращается к своей исходной точке, из которой она исходила. То есть истинная система всегда должна быть системой всеохватывающей, цикличной, круговой.