Вывод советских войск из Афганистана в 1989 году не привел к окончанию войны в этой стране. Она продолжилась с новой силой. С одной стороны сражалась армия правительства Наджибуллы, с другой — отряды моджахедов различных оппозиционных партий, исповедовавших исламский фундаментализм.
Еще когда последние советские части уходили из Афганистана, в феврале 1989 года в пакистанском городе Пешавар оппозиция создала временное правительство страны во главе с Моджаддеди, назначенным президентом. Однако после того как тот попытался наладить контакты с бывшим афганским королем Захир-шахом, против него выступил влиятельный Гульбеддин Хекматиар, председатель Исламской партии Афганистана. Фундаменталисты считали, что возвращение к монархии есть предательство исламской ре- волюции. Уже в марте 1989 года моджахеды начали крупную наступательную операцию. Они попытались, придя из Пакистана, взять город Джелалабад. Бои длились четыре месяца, и в них погибло 12 тысяч оппозиционеров. Правительственные войска добились победы благодаря тому, что получили советские реактивные установки «Град» и другое оружие. Фундаменталистам пришлось отступить из города, покинутого большинством жителей. Затем начались безрезультатные атаки моджахедов у Нангархара (восемь) и под Хостом (двенадцать). Взять их исламисты не смогли, равно как и административные центры ряда провинций — Газни, Кандагар, Герат и Калат. Так провалилась «война городов» оппозиции и правительства Наджибуллы. После этого фундаменталисты начали «войну дорог». Они сумели осенью 1989 года полностью блокировать шоссе Кабул — Душанбе, по которому афганскому правительству поступала основная помощь из Советского Союза. Войскам Наджибуллы с трудом удалось разблокировать жизненно важную трассу. Восстановление движения по автомагистрали удалось во многом благодаря тому, что в стане противников началась кровавая распря. Хекматиаровский полевой командир Саид Джамал устроил засаду и перебил 30 человек командиров Ахмад-шаха Масуда. Тот в ответ захватил Джамала и казнил его. Тогда Хекматиар объявил правителя Панджшера своим кровным врагом. Вскоре между ними на севере страны разгорелись нешуточные столкновения. Распри начались и в самом Кабуле. В марте 1990 года мятеж против Наджибуллы поднял министр обороны его правительства генерал Шах Наваз Танай. В столице уличные бои шли два дня. Сторонники Таная были разбиты, а ему самому пришлось бежать в Пакистан. Постепенно Над- жибулла оказывался все в большей изоляции. Развал Советского Союза сразу же повлек за собой падение режима НДПА. Отряды моджахедов перешли в наступление и к апрелю 1992 года заняли Баграм с его авиабазой и Саланг. Столица оказалась окруженной и, как оказалось, защищать ее теперь было некому. 16 апреля 1992 года войска Ахмад-шаха Масуда и 55-я дивизия бывшего члена НДПА узбека генерала Абдула Рашида Дустума без боя вступили в Кабул. Наджибулла попытался вылететь в Индию, но был арестован прямо у трапа самолета, затем его отпустили из-под ареста, запретив покидать страну.
Пешаварское правительство собиралось перебраться в Кабул. Но к столице 22 апреля подступили отряды Хекма- тиара и обложили город. После этого Хекматиар потребовал распустить правительство (его министром обороны являлся Масуд) и вывести из города части генерала Дустума, своего личного врага. Тот сражался против хекматиаров- ских моджахедов на севере страны не один год. Дело закончилось настоящей войной в лагере моджахедов. 28 мая в Кабул прибыл из Пакистана временный президент Афганистана Сегбатулла Моджаддеди. В тот же день по приказу Хекматиара отряды Исламской партии начали бои в столице. Однако дивизия генерала Дустума выбила их из столицы. 5 мая стороны подписали соглашение о прекращении огня. 55-я дивизия должна была покинуть Кабул и отойти на север страны. Намечалось проведение всеобщих выборов. Пуштун по национальности, Хекматиар не мог допустить, чтобы страной правили два таджика — временный премьер-министр Бурхануддин Раббани и Ахмад-шах Масуд, его министр обороны. Последовал новый всплеск вооруженных столкновений, которые шли во многих провинциях. Столица обстреливалась из пригородов ракетами. В конце октября части дустумовской дивизии покинули Кабул. Но когда срок полномочий Раббани истек, он не расстался со своим креслом. Тогда Гульбеддин Хекматиар официально объявил кабульским властям войну. Соглашение о прекращении огня было достигнуто сторонами только в марте 1993 года, когда в пакистанской столице Исламабаде за стол переговоров сели Раббани и Хекматиар. Перемирие продолжалось всего 27 дней. После этого Афганистан еще глубже затянуло в пучину гражданской войны. Ахмад-шах Масуд продолжал удерживать за собой столицу. Генерал Дустум основал на севере страны практически независимую республику с центром в Ма- зари-Шарифе. Моджахеды Исламской партии воевали и с тем и с другим. Пока Хекматиар и Раббани разбирались друг с другом, в стране неожиданно для многих возникла третья сила — студенты-богословы во главе с муллой Мамур Джи. Весной 1995 года они вышли на улицы Кабула и потребовали отставки Раббани. Движение «Талибан» (по-арабски «студенты» — талибы) попыталось взять Кабул штурмом, но войска Масуда не позволили им завладеть городом. Тогда талибы перенесли боевые действия в провинции, граничащие со столичной, и имели там быстрый успех в противостоянии моджахедам. В течение 1996 года они подчинили себе весь юго-восток страны. Отряды «Талибана» повели наступление на Кабул и 30 июня овладели им. Одной из первых акций победителей стал арест Наджибуллы. После скорого суда последнего лидера НДПА повесили на главной кабульской площади. Движение «Талибан» сформировало собственное правительство Афганистана. После этого отряды талибов, в которых оказалось много добровольцев из арабских стран и Пакистана, повели наступательные бои на севере страны, где начались затяжные столкновения с силами генерала Ду- стума и других предводителей моджахедов-исламистов.