Министерство осуществляет свою деятельность на основании Конституции СССР, Кодекса торгового мореплавания Союза ССР, Общего положения о министерствах СССР и Положения о Министерстве морского флота32. Своеобразие правового положения министерства заключается в том, что оно, с одной стороны, является центральным органом государственного управления морским транспортом как одной из отраслей народного хозяйства страны, а с другой-органом, осуществляющим государственный надзор за торговым мореплаванием в СССР, и наделено так называемыми надведомственными полномочиями. В качестве центрального органа управления отраслью министерство обеспечивает развитие морского транспорта, осуществляет мероприятия, направленные на максимальное экономически целесообразное использование флота, выполнение заданий государственного плана, обеспечение при минимальных затратах общественного труда необходимых для страны морских перевозок, проведение единой технической политики, внедрение передового опыта, научной организации труда, улучшение жилищных и культурно-бытовых условий труда работников морского транспорта. Министерство непосредственно руководит предприятиями, организациями и учреждениями (научно-исследовательскими, учебными и т. д.) морского транспорта. Министерство морского флота, всесоюзные объединения, пароходства, порты, заводы и другие предприятия, организации и учреждения составляют единую систему Министерства морского флота. Таким образом, в качестве органа хозяйственного управления Министерство морского флота действует, с учетом определенных особенностей, так же, как и другое общесоюзное министерство. Согласно ст. 6 КТМ на Министерство морского флота СССР возлагается государственный надзор за торговым мореплаванием, т.е. осуществление контроля за соблюдением законодательства о торговом мореплавании, а также относящихся к нему международных договоров, в которых участвует СССР, надзор за состоянием морских путей, общее руководство государственной регистрацией морских судов, дипломированием специалистов морского флота, спасательной и лоцманской службой. Для выполнения этой задачи министерство наделено правом издания обязательных для всех министерств, ведомств, организаций и граждан правил, инструкций и положений по вопросам торгового мореплавания. Министерство, в частности, издает правила оборудования и снабжения морских судов спасательными, противопожарными и другими средствами, устанавливает правила пользования средствами морского транспорта, правила по охране порядка и безопасности мореплавания. Министерство обобщает практику применения законодательства СССР, международных договоров и соглашений по вопросам торгового мореплавания, разрабатывает предложения по их совершенствованию и вносит в установленном порядке эти предложения на рассмотрение Совета Министров СССР.
Министерство морского флота возглавляет министр, который несет персональную ответственность за выполнение возложенных на министерство задач и обязанностей, устанавливает степень ответственности заместителей министра, начальников главных управлений, управлений и отделов центрального аппарата. В пределах компетенции министерства и во исполнение действующего законодательства министр издает приказы и инструкции, дает указания и проверяет их исполнение, а также может издавать с руководителями других министерств и ведомств совместные приказы и инструкции. В министерстве образуется Коллегия в составе министра (председатель) и заместителей министра по должности, а также других руководящих работников. Члены Коллегии утверждаются Советом Министров СССР. Коллегия на своих заседаниях рассматривает основные вопросы развития морского транспорта, обсуждает вопросы практического руководства предприятиями, организациями и учреждениями, проекты важнейших приказов и инструкций. Решения Коллегии проводятся в жизнь, как правило, приказами министра. В случае разногласий между министром и Коллегией министр проводит в жизнь свое решение, докладывая о возникших разногласиях Совету Министров СССР, а члены Коллегии в свою очередь могут сообщить свое мнение в Совет Министров СССР. Для рассмотрения предложений по основным направлениям развития науки и техники, определения научно обоснованной единой технической политики в министерстве создается научно-технический совет (НТС) из видных ученых, высококвалифицированных специалистов, новаторов производства. Состав НТС и положение о нем утверждаются министром морского флота. Структура и численность работников центрального аппарата министерства утверждается Советом Министров СССР. После перестройки управления, проведенной в 1982 г., в структуру центрального аппарата входят следующие основные главные управления, управления и отделы: Главное управление перевозок, эксплуатации флота и портов (Главфлот), Главное управление по работе с моряками загран- плавания, кадров и учебных заведений (Главкадры), Плановое и валютнофинансовое управление, Управление организации труда и заработной платы, Управление внешних сношений, Научно-техническое управление, Юридический отдел с арбитражем, Отдел охраны труда и техники безопасности и др.